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Réservé autrefois aux moines, il a été rénové au XVIIIe siècle en style baroque, après que les Mauristes soient venus en 1649 réformer l’abbaye bénédictine alors tombée en décadence. Derrière le maître-autel, le retable construit en 1507 par le Génois Girolamo Viscardo, contient cinq admirables panneaux de marbre blanc. Au centre la Trinité, Dieu le Père, le Fils portant sa Croix et l’Esprit Saint sous la forme d’une colombe. A gauche, le baptême du Christ par saint Jean-Baptiste, à droite la Pentecôte (envoi de l’Esprit Saint sur la Vierge et les apôtres), et aux extrémités, Richard Ier et Richard II, les ducs-fondateurs. Au-dessus, une châsse montre les douze apôtres. L’ensemble est entouré des statues de saint Taurin et de sainte Suzanne, patrons secondaires de l’abbaye. Les stalles du chœur sont du XVIIIe siècle, richement décorées de sculptures. Elles étaient surmontées des boiseries qui lambrissent aujourd’hui la chapelle de la Vierge.
Au centre du chœur, un coffre reliquaire qui n’est plus exposé après un vol d’une des façades survenu dans la nuit du 17 au 18 février 2008. Le baldaquin, de style baroque, posé sur des pilastres de marbre, fait partie des embellissements du XVIIIe siècle.
En arrière, les vitraux du chevet datent du début du XVIe siècle et sont dus au maître verrier Arnoult de Nimègue. Ils représentent au centre la Trinité, à droite saint Taurin, et à gauche sainte Suzanne.
