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Il y avait déjà un orgue au XIe siècle. L’orgue actuel a été construit en 1746 pour l’abbaye de Montivilliers et installé à Fécamp en 1803. Entièrement refait en 1883 par Cavaillé-Coll, il est un des plus beaux instruments de ce type. Au-dessus, le vitrail de Boulanger, offert par les paroissiens en 1883 représente la Trinité.